Tabla de contenidos
- ¿Qué es una incapacidad?
- ¿Qué se considera una incapacidad laboral?
- ¿Cuáles son los tipos de incapacidad laboral en Colombia?
- ¿Cuántos días de incapacidad se otorgan?
- ¿Qué pasa con los 3 primeros días de incapacidad?
- ¿Cómo se realiza el pago por una incapacidad laboral?
- ¿Quién paga los primeros 3 días de incapacidad en Colombia?
- ¿Cuáles son las consecuencias de una incapacidad en el trabajo?
- ¿Cómo los recursos humanos gestionan una incapacidad de los trabajadores?
En las empresas colombianas, la incapacidad funciona como un salvavidas que resguarda la salud y el bolsillo de un trabajador cuando una enfermedad o un accidente lo dejan fuera de juego, sea por unos días o de forma permanente. Pero es mucho más que un papeleo médico: pone a prueba qué tan maduro es el Sistema de Seguridad Social, cuán robustos son los procesos internos y, sobre todo, cuánta empatía muestran los líderes. Para los CEO y los equipos de recursos humanos, dominar cada detalle—desde quién cubre los tres primeros días hasta cómo engranar EPS, ARL y fondo de pensiones—es vital para mantener la operación en curso, evitar sanciones y, lo más importante, cuidar a las personas que hacen posible el negocio.
¿Qué es una incapacidad?
Una incapacidad es la certificación médica que acredita la pérdida temporal o definitiva de la capacidad laboral de un trabajador, impidiéndole cumplir con sus funciones habituales. Se emite cuando la alteración física o mental supera las simples molestias y requiere reposo, tratamiento o rehabilitación. En Colombia, la incapacidad puede expedirla un profesional de salud de la Entidad Promotora de Salud (EPS), la Administradora de Riesgos Laborales (ARL) o una IPS autorizada, y se plasma en un documento oficial que detalla diagnóstico, duración y recomendaciones.
Definición médica
El concepto parte del principio de salud integral: si la dolencia afecta la eficiencia, seguridad o riesgo de complicaciones, se justifica el retiro temporal de la actividad.
Fundamento legal
La Ley 100 de 1993 y el Decreto 2943 de 2013 reglamentan la expedición y el pago, estableciendo derechos y obligaciones para trabajador, empleador y aseguradoras.
- Documento físico o digital con firma del médico tratante.
- Incluye CIE-10, días de reposo y tipo de incapacidad.
- Debe radicarse ante la empresa dentro de las 48 horas siguientes a su expedición.
¿Qué se considera una incapacidad laboral?
Se considera incapacidad laboral cuando la condición médica afecta directamente el desempeño del cargo o pone en riesgo la salud propia y la de terceros. No toda enfermedad justifica incapacidad; el médico valora la severidad, la naturaleza del trabajo y la posibilidad de reubicación temporal. Patologías crónicas descompensadas, cirugías, fracturas o trastornos mentales agudos suelen ameritarla, mientras afecciones leves pueden resolverse con teletrabajo o ajustes ergonómicos.
Criterios de severidad
Dolor incapacitante, limitación funcional mayor al 50 % y riesgo de contagio son factores decisivos para emitir incapacidad.
Evaluación ocupacional
El profesional de salud ocupacional revisa tareas críticas, turnos y exposición a riesgos para determinar si procede la incapacidad o una reubicación.
- Aplica a trabajadores dependientes e independientes cotizantes.
- Puede ser de origen común o profesional.
- Debe renovarse si persiste la causa clínica.
¿Cuáles son los tipos de incapacidad laboral en Colombia?
Existen tres categorías principales: común, profesional y maternidad/paternidad. La incapacidad común deriva de enfermedad o accidente no relacionado con la labor; la profesional proviene de riesgos propios del trabajo y la maternidad incluye licencias asociadas al embarazo y el parto. Cada tipo tiene entidad pagadora y porcentaje de remuneración distinto.
Incapacidad común
Cubre enfermedades generales; es asumida por la EPS a partir del día 4 y se paga al 66,67 % del salario.
Incapacidad profesional
Resulta de accidente laboral o enfermedad profesional; la ARL cubre desde el primer día al 100 % del salario base.
- Licencia de maternidad: 100 % del salario, cubierta por la EPS.
- Licencia de paternidad: Igual cobertura, 2 semanas.
- Incapacidades prolongadas pasan a la calificación de pérdida de capacidad laboral.
¿Cuántos días de incapacidad se otorgan?
El médico define la duración según pronóstico clínico. Las incapacidades comunes van de 1 a 180 días prorrogables; después del día 180 pasa a calificación para posible pensión de invalidez. Las incapacidades profesionales pueden extenderse el tiempo necesario bajo seguimiento de la ARL. La legislación no establece un límite anual, pero las EPS revisan casos prolongados con juntas de calificación.
Rangos habituales
Enfermedades virales: 3-5 días; cirugías mayores: 15-30 días; fracturas complejas: 45-90 días.
Prórrogas y segunda opinión
Si no hay mejoría, se emite prórroga con reevaluación diagnóstica o interconsulta especialista.
- El empleador puede solicitar visita domiciliaria para verificar condiciones.
- Incapacidades fragmentadas se suman para efectos de calificación.
- Falta de adherencia al tratamiento puede suspender la incapacidad.
¿Qué pasa con los 3 primeros días de incapacidad?
Los tres primeros días—llamados “periodo de latencia”—son responsabilidad del empleador cuando la incapacidad es de origen común. Se pagan al 100 % del salario, salvo que la convención colectiva establezca un porcentaje mayor. A partir del cuarto día, la EPS asume el pago al 66,67 % hasta el día 180. En incapacidades profesionales, la ARL cubre desde el primer día.
Justificación normativa
El artículo 3.º del Decreto 2943/2013 asigna al empleador el reconocimiento inicial, evitando retrasos en el ingreso del trabajador.
Compensación posterior
Algunas empresas contratan pólizas de salud complementaria para recuperar el 100 % pagado o para cubrir el diferencial EPS-salario.
- Debe liquidarse en la nómina inmediatamente posterior.
- Aplica a jornadas parciales según días afectados.
- No genera aportes adicionales a la seguridad social.
¿Cómo se realiza el pago por una incapacidad laboral?
El trabajador entrega certificado médico; recursos humanos lo registra y descuenta los días correspondientes. El empleador adelanta los valores y luego descuenta lo asumido por EPS o ARL mediante la Planilla Integrada de Liquidación de Aportes (PILA). El pago se calcula sobre el salario base de cotización, teniendo en cuenta el tope de 10 SMMLV para incapacidad común.
- Radicación ante Recursos humanos.
- Validación de diagnóstico y vigencia afiliación.
- Liquidación en nómina y solicitud de reembolso a la entidad.
Tiempos de reembolso
EPS: máximo 30 días calendario; ARL: 15 días hábiles tras radicación completa.
- Inconsistencias generan glosas y devuelven el trámite.
- Intereses moratorios si la EPS se retrasa.
- Se recomienda un software de gestión documental.
¿Quién paga los primeros 3 días de incapacidad en Colombia?
En incapacidad común, el empleador paga los primeros tres días al 100 % y la EPS reembolsa desde el día 4 al 66,67 %. En incapacidad profesional, la ARL asume la totalidad desde el día 1 al 100 %. Para licencias de maternidad y paternidad, la EPS cubre la totalidad desde el inicio, sin copago del empleador, aunque este maneja el flujo a través de la nómina.
Excepciones convencionales
Algunos convenios colectivos estipulan recargo del 100 % por todo el periodo; la empresa paga y no recupera la diferencia.
Obligación contable
Registrar como gasto de personal deducible en renta y soportado con certificado médico.
- El no pago oportuno genera intereses sancionatorios.
- Trabajadores a tiempo parcial ajustan la proporción diaria.
- El sistema evalúa el cruce de incapacidades y licencias simultáneas.
¿Cuáles son las consecuencias de una incapacidad en el trabajo?
Las incapacidades prolongadas impactan la continuidad operativa y generan costos directos (sustituciones, horas extra) e indirectos (pérdida de conocimiento tácito). También pueden afectar el clima laboral si se perciben abusos o favoritismo. Para el trabajador, las incapacidades frecuentes limitan oportunidades de ascenso y pueden conducir a procesos de calificación de pérdida de capacidad laboral.
Riesgos para la empresa
Sobrecarga de compañeros, retraso de proyectos y sanciones si no se cumple el debido proceso de pago.
Riesgos para el trabajador
Desconexión del equipo, estigmatización y reducción de ingresos si la EPS liquida al 66,67 %.
- Incremento del índice de ausentismo y severidad.
- Aumento de primas ARL por siniestralidad alta.
- Posible invalidez y transición a pensión anticipada.
¿Cómo los recursos humanos gestionan una incapacidad de los trabajadores?
El área de recursos humanos implementa un protocolo: recepción de certificados, validación, registro en software, comunicación a líderes y seguimiento de reincorporación. Coordina teletrabajo o reubicación si el médico lo permite, reduce impacto productivo y asegura acompañamiento psicosocial. Además, lidera campañas de prevención y ergonomía para disminuir frecuencias, y capacita a jefes sobre empatía y legalidad al interactuar con personal incapacitado.
Reintegración gradual
Planes de retorno al trabajo con ajustes de jornada o tareas livianas para evitar recaídas.
Analítica de ausentismo
Paneles que cruzan áreas, causas y duración permiten focalizar programas de salud y negociar tarifas ARL.
- Línea de atención 24/7 para dudas sobre incapacidades.
- Convenios con IPS para citas prioritarias y rehabilitación.
- Indicadores mensuales presentados al comité de convivencia y a la gerencia.
La incapacidad laboral, bien gestionada, equilibra la protección social del trabajador con la sostenibilidad operativa de la empresa. Requiere conocimiento normativo, procesos ágiles y una cultura que privilegie la salud como motor de productividad. Para los líderes y recursos humanos, el reto va más allá de liquidar porcentajes: implica crear entornos que prevengan lesiones y enfermedades, mantengan la motivación durante ausencias y garanticen un regreso seguro y digno. Solo así la incapacidad deja de ser un trauma administrativo para convertirse en un reflejo de la responsabilidad corporativa y el cuidado genuino de las personas.